Class Calculations

    • Method Detail

      • getParameterObj

        abstract java.lang.Object getParameterObj​(MinObject o)
      • getParameter

        java.lang.Object getParameter​(java.lang.Object o)
      • setConstraints

        public void setConstraints​(javajs.util.Lst<java.lang.Object[]> constraints)
      • setupCalculations

        abstract boolean setupCalculations()
      • getUnits

        abstract java.lang.String getUnits()
      • compute

        abstract double compute​(int iType,
                                java.lang.Object[] dataIn)
      • addForce

        void addForce​(javajs.util.V3d v,
                      int i,
                      double dE)
      • setSilent

        public void setSilent​(boolean TF)
      • getLogData

        public java.lang.String getLogData()
      • appendLogData

        void appendLogData​(java.lang.String s)
      • setLoggingEnabled

        void setLoggingEnabled​(boolean TF)
      • setPreliminary

        void setPreliminary​(boolean TF)
      • pairSearch

        protected void pairSearch​(javajs.util.Lst<java.lang.Object[]> calc1,
                                  Calculation pc1,
                                  javajs.util.Lst<java.lang.Object[]> calc2,
                                  Calculation pc2)
      • calc

        private double calc​(int iType,
                            boolean gradients)
      • energyStrBnd

        double energyStrBnd​(boolean gradients)
      • energyBond

        double energyBond​(boolean gradients)
      • energyAngle

        double energyAngle​(boolean gradients)
      • energyTorsion

        double energyTorsion​(boolean gradients)
      • energyStretchBend

        double energyStretchBend​(boolean gradients)
      • energyOOP

        double energyOOP​(boolean gradients)
      • energyVDW

        double energyVDW​(boolean gradients)
      • energyES

        double energyES​(boolean gradients)
      • constraintEnergy

        private double constraintEnergy​(int iType)
      • constrainQuadratic

        private double constrainQuadratic​(double value,
                                          double targetValue,
                                          double k,
                                          int iType)
      • getConstraintList

        void getConstraintList()
      • getAtomList

        java.lang.String getAtomList​(java.lang.String title)
      • getDebugHeader

        abstract java.lang.String getDebugHeader​(int iType)
      • getDebugHeader2

        protected java.lang.String getDebugHeader2​(int iType)
      • getDebugLine

        java.lang.String getDebugLine​(int iType,
                                      Calculation c)
      • getDebugLineC

        protected java.lang.String getDebugLineC​(int iType,
                                                 Calculation c)
      • getDebugFooter

        java.lang.String getDebugFooter​(int iType,
                                        double energy)
      • setPairVariables

        void setPairVariables​(Calculation c)
      • setAngleVariables

        void setAngleVariables​(Calculation c)
      • setOopVariables

        void setOopVariables​(Calculation c,
                             boolean fixTheta)
      • setTorsionVariables

        void setTorsionVariables​(Calculation c)
      • isLinear

        boolean isLinear​(int i)
        Parameters:
        i -
        Returns:
        T/F