ProteoWizard
Class Index
a | b | c | d | e | f | g | h | i | k | l | m | n | o | p | q | r | s | t | u | v | w | x | z
  a  
DefaultTabHandler (pwiz::util)   Match (pwiz::data::pepxml)   ProteinList_DecoyGenerator (pwiz::analysis)   SpectrumIdentityFromXML (pwiz::msdata)   
DelimReader (pwiz::identdata)   MatchData (pwiz::data::pepxml)   ProteinList_DecoyGeneratorPredicate_Reversed (pwiz::analysis)   SpectrumInfo (pwiz::msdata)   
Activation (pwiz::msdata)   DelimWriter (pwiz::identdata)   MatrixIO (pwiz::analysis)   ProteinList_DecoyGeneratorPredicate_Shuffled (pwiz::analysis)   SpectrumIterator (pwiz::msdata)   
AdaptedErrorDerivative (pwiz::frequency::DerivativeTest)   PrecursorMaskCodec::DemuxBoundary (pwiz::analysis)   MatrixIOTest   ProteinList_Filter (pwiz::analysis)   SpectrumList (pwiz::msdata)   
AdaptedErrorFunction (pwiz::frequency::DerivativeTest)   DemuxDebugReader (pwiz::analysis)   meanfunctor (ralab::base::resample::utilities)   ProteinList_FilterPredicate_IdSet (pwiz::analysis)   SpectrumList_3D (pwiz::analysis)   
AlternativeProtein (pwiz::data::pepxml)   DemuxDebugRWTest   Measure (pwiz::identdata)   ProteinList_FilterPredicate_IndexSet (pwiz::analysis)   SpectrumList_ABI (pwiz::msdata::detail)   
AmbiguousResidue (pwiz::identdata)   DemuxDebugWriter (pwiz::analysis)   MemoryIndex (pwiz::data)   ProteinListCache (pwiz::proteome)   SpectrumList_ABI_T2D (pwiz::msdata::detail)   
AminoAcidModification (pwiz::data::pepxml)   DemuxHelpersTest   MemoryMRUCache (pwiz::msdata)   ProteinListFactory (pwiz::analysis)   SpectrumList_Agilent (pwiz::msdata::detail)   
AnalysisCollection (pwiz::identdata)   DemuxSolver (pwiz::analysis)   MetadataReporter (pwiz::analysis)   ProteinListSimple (pwiz::proteome)   SpectrumList_Bruker (pwiz::msdata::detail)   
AnalysisData (pwiz::identdata)   DemuxSolverTest   Mexican_Hat (ralab::base::filter::utilities)   ProteinListWrapper (pwiz::proteome)   SpectrumList_BTDX (pwiz::msdata)   
AnalysisProtocolCollection (pwiz::identdata)   DemuxTest   Mexican_Hat2 (ralab::base::filter::utilities)   ProteomeData (pwiz::proteome)   SpectrumList_ChargeFromIsotope (pwiz::analysis)   
AnalysisResult (pwiz::data::pepxml)   DemuxWindow (pwiz::analysis)   MixtureModel (pwiz::data::pepxml)   ProteomeDataFile (pwiz::proteome)   SpectrumList_ChargeStateCalculator (pwiz::analysis)   
AnalysisSampleCollection (pwiz::identdata)   Diff (pwiz::data)   ModAminoAcidMass (pwiz::data::pepxml)   Provider (pwiz::identdata)   SpectrumList_Demux (pwiz::analysis)   
AnalysisSoftware (pwiz::identdata)   DiffConfig (pwiz::msdata)   Modification (pwiz::proteome)   Publication (pwiz::tradata)   SpectrumList_Filter (pwiz::analysis)   
AnalysisSummary (pwiz::data::pepxml)   DiffConfig (pwiz::proteome)   Modification (pwiz::tradata)   
  q  
SpectrumList_FilterPredicate_ActivationType (pwiz::analysis)   
AnalysisTimestamp (pwiz::data::pepxml)   DiffConfig (pwiz::tradata)   Modification (pwiz::identdata)   SpectrumList_FilterPredicate_AnalyzerType (pwiz::analysis)   
analyzer_strings (pwiz::analysis)   DiffConfig (pwiz::identdata)   ModificationInfo (pwiz::data::pepxml)   Q3RatioResult (pwiz::data::pepxml)   SpectrumList_FilterPredicate_ChargeStateSet (pwiz::analysis)   
analyzer_strings< MetadataReporter > (pwiz::analysis)   DigestedPeptide (pwiz::proteome)   ModificationList (pwiz::proteome)   
  r  
SpectrumList_FilterPredicate_DefaultArrayLengthSet (pwiz::analysis)   
analyzer_strings< RegionSIC > (pwiz::analysis)   DigestedPeptideLessThan   ModificationMap (pwiz::proteome)   SpectrumList_FilterPredicate_IdSet (pwiz::analysis)   
analyzer_strings< RegionSlice > (pwiz::analysis)   Digestion (pwiz::proteome)   mru_list (pwiz::util)   random_access_compressed_ifstream (pwiz::util)   SpectrumList_FilterPredicate_IndexSet (pwiz::analysis)   
analyzer_strings< RegionTIC > (pwiz::analysis)   DistributionPoint (pwiz::data::pepxml)   MS2Deisotoper (pwiz::analysis)   RawMassDatum   SpectrumList_FilterPredicate_MSLevelSet (pwiz::analysis)   
analyzer_strings< RunSummary > (pwiz::analysis)   KernelTraits::Dummy (pwiz::math::MatchedFilter)   MS2NoiseFilter (pwiz::analysis)   Reader (pwiz::msdata)   SpectrumList_FilterPredicate_MzPresent (pwiz::analysis)   
analyzer_strings< SpectrumBinaryData > (pwiz::analysis)   
  e  
MSData (pwiz::msdata)   Reader (pwiz::proteome)   SpectrumList_FilterPredicate_Polarity (pwiz::analysis)   
analyzer_strings< SpectrumTable > (pwiz::analysis)   MSDataAnalyzer (pwiz::analysis)   Reader (pwiz::tradata)   SpectrumList_FilterPredicate_PrecursorMzSet (pwiz::analysis)   
AnotherRootHandler   Element (pwiz::chemistry::detail)   MSDataAnalyzerContainer (pwiz::analysis)   Reader (pwiz::identdata)   SpectrumList_FilterPredicate_ScanEventSet (pwiz::analysis)   
Handler::Attributes::attribute (pwiz::minimxml::SAXParser)   Index::Entry (pwiz::data)   MSDataAnalyzerDriver (pwiz::analysis)   Reader1   SpectrumList_FilterPredicate_ScanNumberSet (pwiz::analysis)   
Handler::Attributes (pwiz::minimxml::SAXParser)   EnumConstantNotPresentException   MSDataCache (pwiz::analysis)   Reader2   SpectrumList_FilterPredicate_ScanTimeRange (pwiz::analysis)   
XMLWriter::Attributes (pwiz::minimxml)   EnzymaticSearchConstraint (pwiz::data::pepxml)   MSDataFile (pwiz::msdata)   Reader_ABI (pwiz::msdata)   SpectrumList_FilterPredicate_ThermoScanFilter (pwiz::analysis)   
  b  
Enzyme (pwiz::identdata)   MSDataMerger (pwiz::msdata)   Reader_ABI_T2D (pwiz::msdata)   SpectrumList_IonMobility (pwiz::analysis)   
EnzymePtr_missedCleavages   MSDataWithSettableVersion   Reader_Agilent (pwiz::msdata)   SpectrumList_LockmassRefiner (pwiz::analysis)   
BadListener   EnzymePtr_specificity   DemuxTest::MSDPair   Reader_Bruker (pwiz::msdata)   SpectrumList_MetadataFixer (pwiz::analysis)   
BaseDiffConfig (pwiz::data)   Enzymes (pwiz::identdata)   MSIHandler (pwiz::util)   Reader_BTDX (pwiz::msdata)   SpectrumList_MGF (pwiz::msdata)   
basic_charcounter (pwiz::minimxml)   ParametrizedFunction::ErrorFunction (pwiz::frequency)   MSInspectRecordBuilder (pwiz::peptideid)   Reader_FASTA (pwiz::proteome)   SpectrumList_MSn (pwiz::msdata)   
BibliographicReference (pwiz::identdata)   ErrorPoint (pwiz::data::pepxml)   MSLevelSorter   Reader_MGF (pwiz::msdata)   SpectrumList_mzML (pwiz::msdata)   
Bin1D (ralab::base::resample)   EvenMS2Predicate   MSMSPipelineAnalysis (pwiz::data::pepxml)   Reader_MSn (pwiz::msdata)   SpectrumList_MZRefiner (pwiz::analysis)   
BinaryData (pwiz::util)   EvenPredicate   MSMSRunSummary (pwiz::data::pepxml)   Reader_mz5 (pwiz::msdata)   SpectrumList_MZWindow (pwiz::analysis)   
BinaryDataArray (pwiz::msdata)   EvenRequester   MSnHeader (pwiz::msdata)   Reader_mzML (pwiz::msdata)   SpectrumList_mzXML (pwiz::msdata)   
BinaryDataEncoder (pwiz::msdata)   Evidence (pwiz::tradata)   MSXDemultiplexer (pwiz::analysis)   Reader_mzXML (pwiz::msdata)   SpectrumList_PeakFilter (pwiz::analysis)   
BinaryIndexStream (pwiz::data)   ExtendedReaderList (pwiz::msdata)   MyBase   Reader_Shimadzu (pwiz::msdata)   SpectrumList_PeakPicker (pwiz::analysis)   
Bucket1D (ralab::base::resample)   ExtraZeroSamplesFilter (pwiz::analysis)   MyPred   Reader_Thermo (pwiz::msdata)   SpectrumList_PrecursorRecalculator (pwiz::analysis)   
  c  
  f  
MyWrapper   Reader_UIMF (pwiz::msdata)   SpectrumList_PrecursorRefine (pwiz::analysis)   
MZIntensityPair (pwiz::msdata)   Reader_UNIFI (pwiz::msdata)   SpectrumList_ScanSummer (pwiz::analysis)   
SpectrumListCache::CacheEntry (pwiz::msdata)   Feature (pwiz::data::peakdata)   mzrtEqual   Reader_Waters (pwiz::msdata)   SpectrumList_Shimadzu (pwiz::msdata::detail)   
CalibrationParameters (pwiz::data)   FeatureDetector (pwiz::analysis)   MZRTField (pwiz::analysis)   Reader1::ReaderConfig   SpectrumList_Smoother (pwiz::analysis)   
CancelListener   FeatureDetectorPeakel (pwiz::analysis)   MZTolerance (pwiz::chemistry)   Reader2::ReaderConfig   SpectrumList_Sorter (pwiz::analysis)   
CancelProgressCallback   FeatureDetectorSimple (pwiz::analysis)   
  n  
ReaderFail (pwiz::proteome)   SpectrumList_SorterPredicate_ScanStartTime (pwiz::analysis)   
basic_charcounter::category (pwiz::minimxml)   FeatureFile (pwiz::data::peakdata)   ReaderFail (pwiz::tradata)   SpectrumList_Thermo (pwiz::msdata::detail)   
CharIndexedVector (pwiz::util)   FeatureModeler (pwiz::analysis)   nativeID_less (pwiz::peptideid)   ReaderFail (pwiz::msdata)   SpectrumList_TitleMaker (pwiz::analysis)   
CharIndexedVectorConstIterator (pwiz::util)   FeatureModeler_Gaussian (pwiz::analysis)   NestedHandler   ReaderFail (pwiz::identdata)   SpectrumList_UIMF (pwiz::msdata::detail)   
CharIndexedVectorIterator (pwiz::util)   Fifth   NNLSSolver (pwiz::analysis)   ReaderList (pwiz::identdata)   SpectrumList_UNIFI (pwiz::msdata::detail)   
Chromatogram (pwiz::msdata)   FifthHandler   PeakFamilyDetectorFT::NoDataException (pwiz::analysis)   ReaderList (pwiz::tradata)   SpectrumList_Waters (pwiz::msdata::detail)   
ChromatogramDataFilter (pwiz::analysis)   FileContent (pwiz::msdata)   Noise (pwiz::analysis)   ReaderList (pwiz::proteome)   SpectrumList_ZeroSamplesFilter (pwiz::analysis)   
ChromatogramIdentity (pwiz::msdata)   FileDescription (pwiz::msdata)   NoiseCalculator (pwiz::analysis)   ReaderList (pwiz::msdata)   SpectrumListBase (pwiz::msdata)   
ChromatogramList (pwiz::msdata)   Filter (pwiz::identdata)   NoiseCalculator_2Pass (pwiz::analysis)   ReaderTestConfig (pwiz::util)   SpectrumListCache (pwiz::msdata)   
ChromatogramList_ABI (pwiz::msdata::detail)   FilterWrapper   NoVendorPeakPickingException (pwiz::analysis)   PeptideID::Record (pwiz::peptideid)   SpectrumListFactory (pwiz::analysis)   
ChromatogramList_Agilent (pwiz::msdata::detail)   First   NthPower (ralab::base::stats)   Record (pwiz::proteome::AminoAcid::Info)   SpectrumListIonMobilityBase (pwiz::msdata)   
ChromatogramList_Bruker (pwiz::msdata::detail)   FirstHandler   
  o  
Record (pwiz::chemistry::Element::Info)   SpectrumListSimple (pwiz::msdata)   
ChromatogramList_Filter (pwiz::analysis)   FlatRecordBuilder (pwiz::peptideid)   MSIHandler::Record (pwiz::util)   SpectrumListWrapper (pwiz::msdata)   
ChromatogramList_FilterPredicate_IndexSet (pwiz::analysis)   Formula (pwiz::chemistry)   OBO (pwiz::data)   IPIFASTADatabase::Record (pwiz::proteome)   SpectrumPeakExtractor (pwiz::analysis)   
ChromatogramList_LockmassRefiner (pwiz::analysis)   FragmentArray (pwiz::identdata)   once_flag_proxy (pwiz::util)   PepxmlRecordReader::record (pwiz::analysis)   SpectrumPeakExtractorTest   
ChromatogramList_mzML (pwiz::msdata)   Fragmentation (pwiz::proteome)   OneMinusAbs   RegexCVMap (pwiz::identdata)   SpectrumQuery (pwiz::data::pepxml)   
ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother (pwiz::analysis)   FrequencyData (pwiz::data)   OrderedPair (pwiz::math)   RegionAnalyzer (pwiz::analysis)   RegionAnalyzer::SpectrumStats (pwiz::analysis)   
ChromatogramList_Shimadzu (pwiz::msdata::detail)   FrequencyEstimator (pwiz::frequency)   OrderedPairContainerRef (pwiz::math)   RegionSIC (pwiz::analysis)   SpectrumTable (pwiz::analysis)   
ChromatogramList_Thermo (pwiz::msdata::detail)   FrequencyEstimatorPhysicalModel (pwiz::frequency)   Organization (pwiz::identdata)   RegionSlice (pwiz::analysis)   SpectrumWorkerThreads (pwiz::msdata)   
ChromatogramList_Waters (pwiz::msdata::detail)   FrequencyEstimatorSimple (pwiz::frequency)   organization_p (pwiz::identdata)   RegionTIC (pwiz::analysis)   SquareRoot (ralab::base::resample)   
ChromatogramList_XICGenerator (pwiz::analysis)   FTMSCompFunctor (ralab::base::resample)   XMLWriter::OutputObserver (pwiz::minimxml)   Residue (pwiz::identdata)   Stats (pwiz::math)   
ChromatogramListBase (pwiz::msdata)   FTSieve   OverlapDemultiplexer (pwiz::analysis)   RetentionTime (pwiz::tradata)   RegionAnalyzer::Stats (pwiz::analysis)   
ChromatogramListFactory (pwiz::analysis)   
  g  
  p  
ridgeLine   Handler::Status (pwiz::minimxml::SAXParser)   
ChromatogramListSimple (pwiz::msdata)   RocDataPoint (pwiz::data::pepxml)   StringMatchCVMap (pwiz::identdata)   
ChromatogramListWrapper (pwiz::analysis)   Gauss (ralab::base::filter::utilities)   pairData   Root   SubstitutionModification (pwiz::identdata)   
ClickwrapPrompter (pwiz::util)   Gauss_1deriv (ralab::base::filter::utilities)   Parabola (pwiz::math)   RootHandler   
  t  
Image::Color (pwiz::util)   Goober   ParamContainer (pwiz::data)   rtimeMap   
Component (pwiz::msdata)   
  h  
Parameter (pwiz::data::pepxml)   RTMatches_Any (pwiz::analysis)   TabHandler (pwiz::util)   
ComponentList (pwiz::msdata)   Software::Parameter (pwiz::data::peakdata)   RTMatches_Contains (pwiz::analysis)   TabReader (pwiz::util)   
Compound (pwiz::tradata)   Handler (pwiz::minimxml::SAXParser)   ParameterEstimator (pwiz::frequency)   RTMatches_IsContainedIn (pwiz::analysis)   TabularConfig (pwiz::analysis)   
NoiseCalculator_2Pass::Config (pwiz::analysis)   HandlerFeature (pwiz::data::peakdata)   ParametrizedCosine   Run (pwiz::msdata)   Target (pwiz::tradata)   
BinaryDataEncoder::Config (pwiz::msdata)   HandlerPeak (pwiz::data::peakdata)   ParametrizedDerivativeSlice (pwiz::frequency::DerivativeTest)   RunSummary (pwiz::analysis)   Target (pwiz::msdata)   
PeakelGrower_Proximity::Config (pwiz::analysis)   HandlerPeakel (pwiz::data::peakdata)   ParametrizedFunction (pwiz::frequency)   
  s  
TargetList (pwiz::tradata)   
PeakelPicker_Basic::Config (pwiz::analysis)   HasBinaryDataPredicate   ParametrizedFunctionSlice (pwiz::frequency::DerivativeTest)   Term (pwiz::data)   
PeakFamilyDetectorFT::Config (pwiz::analysis)   HasID (pwiz::data::diff_impl)   ParamGroup (pwiz::data)   Same (pwiz::data::diff_impl)   TestAminoAcid   
PeakFinder_SNR::Config (pwiz::analysis)   HermiteInterpolate (ralab::base::base::utilities)   SpectrumList_Demux::Params (pwiz::analysis)   SameDeep (pwiz::data::diff_impl)   TestChargeStateCalculator   
PeakFitter_Parabola::Config (pwiz::analysis)   
  i  
MSXDemultiplexer::Params (pwiz::analysis)   Sample (pwiz::msdata)   TestData   
Reader::Config (pwiz::msdata)   OverlapDemultiplexer::Params (pwiz::analysis)   Sample (pwiz::identdata)   TestDatum   
Serializer_mzML::Config (pwiz::msdata)   id_p (pwiz::identdata)   parentIon   SampleDatum (pwiz::data)   TestDeisotopeCalculator   
Serializer_mzXML::Config (pwiz::msdata)   IDemultiplexer (pwiz::analysis)   Peak (pwiz::data::peakdata)   SampledData (pwiz::math::MatchedFilter)   TestDeisotoper   
SpectrumIterator::Config (pwiz::msdata)   IdentData (pwiz::identdata)   Peak (pwiz::analysis)   SampleEnzyme (pwiz::data::pepxml)   TestETDMassFilter   
MS2NoiseFilter::Config (pwiz::analysis)   IdentDataFile (pwiz::identdata)   PeakData (pwiz::data::peakdata)   SamplingWith (ralab::base::resample)   TestFormula   
MS2Deisotoper::Config (pwiz::analysis)   Identifiable (pwiz::identdata)   PeakDetector (pwiz::analysis)   SavitzkyGolaySmoother (pwiz::analysis)   TestFragmentation   
PrecursorMassFilter::Config (pwiz::analysis)   IdentifiableParamContainer (pwiz::identdata)   PeakDetector (pwiz::frequency)   saxstring (pwiz::minimxml::SAXParser)   TestInfo   
PrecursorRecalculatorDefault::Config (pwiz::analysis)   IInterpolation   PeakDetectorMatchedFilter (pwiz::frequency)   Scan (pwiz::data::peakdata)   TestIterationListener   
Digestion::Config (pwiz::proteome)   Image (pwiz::util)   PeakDetectorNaive (pwiz::frequency)   Scan (pwiz::msdata)   TestIterationListener_WithCancel   
Serializer_FASTA::Config (pwiz::proteome)   Index (pwiz::data)   Peakel (pwiz::data::peakdata)   ScanList (pwiz::msdata)   TestListener   
Reader_FASTA::Config (pwiz::proteome)   Index_mzML (pwiz::msdata)   PeakelGrower (pwiz::analysis)   ScanSettings (pwiz::msdata)   TestMetadataFixer   
IsotopeEnvelopeEstimator::Config (pwiz::chemistry)   SpectrumList_mzXML::index_not_found (pwiz::msdata)   PeakelGrower_Proximity (pwiz::analysis)   ScanWindow (pwiz::msdata)   TestModification   
FrequencyEstimatorPhysicalModel::Config (pwiz::frequency)   IndexList (pwiz::msdata)   PeakelPicker (pwiz::analysis)   PeakDetectorMatchedFilter::Score (pwiz::frequency)   TestModifiedPeptide   
XMLWriter::Config (pwiz::minimxml)   IndexList (pwiz::proteome)   PeakelPicker_Basic (pwiz::analysis)   scoreChain   TestMS2Denoise   
PeakDetectorMatchedFilter::Config (pwiz::frequency)   Inputs (pwiz::identdata)   PeakExtractor (pwiz::analysis)   SearchDatabase (pwiz::identdata)   TestOperator   
MSDataCache::Config (pwiz::analysis)   Instrument (pwiz::tradata)   PeakFamily (pwiz::data::peakdata)   SearchDatabase (pwiz::data::pepxml)   TestOutputObserver   
PepxmlRecordReader::Config (pwiz::analysis)   InstrumentConfiguration (pwiz::msdata)   PeakFamilyDetector (pwiz::analysis)   SearchHit (pwiz::data::pepxml)   TestPair   
RegionAnalyzer::Config (pwiz::analysis)   IntegerSet (pwiz::util)   PeakFamilyDetectorFT (pwiz::analysis)   SearchModification (pwiz::identdata)   TestPathmask   
RegionSIC::Config (pwiz::analysis)   Interpretation (pwiz::tradata)   PeakFinder (pwiz::analysis)   SearchResult (pwiz::data::pepxml)   TestPathPredicate (pwiz::util)   
RegionSlice::Config (pwiz::analysis)   IntegerSet::Interval (pwiz::util)   PeakFinder_SNR (pwiz::analysis)   SearchScore (pwiz::data::pepxml)   TestPeptide   
Reader::Config (pwiz::identdata)   IonType (pwiz::identdata)   PeakFitter (pwiz::analysis)   SearchSummary (pwiz::data::pepxml)   TestReader   
RegionTIC::Config (pwiz::analysis)   IPIFASTADatabase (pwiz::proteome)   PeakFitter_Parabola (pwiz::analysis)   Second   TestScanSummerCalculator   
Reader1::Config   IPrecursorMaskCodec (pwiz::analysis)   PeakPicker (ralab::base::ms)   SecondHandler   TestSpectrumInfo   
Reader2::Config   Is_T2D_Directory   Pep2MzIdent (pwiz::identdata)   SelectedIndexPredicate   TestThresholder   
Serializer_mzIdentML::Config (pwiz::identdata)   IsDirectory   Peptide (pwiz::proteome)   SelectedIon (pwiz::msdata)   TextWriter (pwiz::identdata)   
Serializer_pepXML::Config (pwiz::identdata)   IsIMSData   Peptide (pwiz::tradata)   seq_p (pwiz::identdata)   TextWriter (pwiz::msdata)   
RunSummary::Config (pwiz::analysis)   isoChain   Peptide (pwiz::identdata)   SeqMinus (ralab::base::base::utilities)   TextWriter (pwiz::tradata)   
Serializer_protXML::Config (pwiz::identdata)   IsolationWindow (pwiz::msdata)   PeptideEvidence (pwiz::identdata)   SeqPlus (ralab::base::base::utilities)   TextWriter (pwiz::proteome)   
SpectrumBinaryData::Config (pwiz::analysis)   IsolationWindow (pwiz::analysis)   PeptideHypothesis (pwiz::identdata)   sequence_p (pwiz::identdata)   ThreadStatus   
Serializer_Text::Config (pwiz::identdata)   IsolationWindowFilter (pwiz::analysis)   PeptideID (pwiz::peptideid)   SequenceCollection (pwiz::identdata)   ThresholdFilter (pwiz::analysis)   
SpectrumTable::Config (pwiz::analysis)   Isotope (pwiz::chemistry::detail)   PeptideID_flat (pwiz::peptideid)   Serializer_FASTA (pwiz::proteome)   TimeIntensityPair (pwiz::msdata)   
FeatureDetectorPeakel::Config (pwiz::analysis)   IsotopeCalculator (pwiz::chemistry)   PeptideID_pepXml (pwiz::peptideid)   Serializer_MGF (pwiz::msdata)   Timer (pwiz::util)   
Configuration (pwiz::tradata)   isotopeChain   PeptideIDMap (pwiz::peptideid)   Serializer_MSn (pwiz::msdata)   TraData (pwiz::tradata)   
Digestion::const_iterator (pwiz::proteome)   IsotopeEnvelopeEstimator (pwiz::chemistry)   PeptideProphetResult (pwiz::data::pepxml)   Serializer_mzIdentML (pwiz::identdata)   TraDataFile (pwiz::tradata)   
BinaryData::const_iterator (pwiz::util)   IsotopeTable (pwiz::chemistry)   PeptideProphetSummary (pwiz::data::pepxml)   Serializer_mzML (pwiz::msdata)   Transition (pwiz::tradata)   
Contact (pwiz::msdata)   IsoWindowHasher (pwiz::analysis)   PepxmlRecordReader (pwiz::analysis)   Serializer_mzXML (pwiz::msdata)   TranslationTable (pwiz::identdata)   
Contact (pwiz::tradata)   IsRawData   PepXMLSpecificity (pwiz::identdata)   Serializer_pepXML (pwiz::identdata)   TruncatedLorentzian (pwiz::frequency)   
Contact (pwiz::identdata)   IsRawFile   Person (pwiz::identdata)   Serializer_protXML (pwiz::identdata)   TruncatedLorentzianEstimator (pwiz::frequency)   
ContactRole (pwiz::identdata)   IsTDF   person_p (pwiz::identdata)   Serializer_Text (pwiz::identdata)   TruncatedLorentzianParameters (pwiz::frequency)   
Convert2Dense (ralab::base::resample)   IsWiffFile   pinned_gcroot (msclr)   Serializer_traML (pwiz::tradata)   
  u  
Correlation (pwiz::math::MatchedFilter)   IterationListener (pwiz::util)   Image::Point (pwiz::util)   SetRetentionTime   
CosineInterpolate (ralab::base::base::utilities)   IterationListenerRegistry (pwiz::util)   PPMCompFunctor (ralab::base::resample)   SHA1_ostream (pwiz::util)   IterationListener::UpdateMessage (pwiz::util)   
CSHA1   PeptideID::Iterator (pwiz::peptideid)   Precursor (pwiz::msdata)   SHA1_WORKSPACE_BLOCK   usage_exception (pwiz::util)   
CubicHermiteSpline (pwiz::analysis)   BinaryData::iterator (pwiz::util)   Precursor (pwiz::tradata)   SHA1Calculator (pwiz::util)   user_error (pwiz::util)   
CubicHermiteSplineTest   IntegerSet::Iterator (pwiz::util)   precursorGroup   SHA1Filter (pwiz::util)   UserParam (pwiz::data)   
CubicInterpolate (ralab::base::base::utilities)   PeptideID::IteratorInternal (pwiz::peptideid)   SpectrumInfo::PrecursorInfo (pwiz::msdata)   SHA1OutputObserver (pwiz::msdata)   UserParamNameIs   
CustomPair   
  k  
PrecursorRecalculator::PrecursorInfo (pwiz::analysis)   SHA1SymmetricFilter (pwiz::util)   
  v  
CV (pwiz::cv)   SpectrumList_PrecursorRefine::PrecursorInfo (pwiz::analysis)   shared_map (pwiz::util)   
CVIDMatchCVMap (pwiz::identdata)   KernelTraits (pwiz::math::MatchedFilter)   PrecursorMaskCodec (pwiz::analysis)   SpectrumIterator::Sieve (pwiz::msdata)   Validation (pwiz::tradata)   
CVMap (pwiz::identdata)   KernelTraitsBase (pwiz::math::MatchedFilter)   PrecursorMassFilter (pwiz::analysis)   Simple   VectorFunction (pwiz::frequency::DerivativeTest)   
CVParam (pwiz::data)   KernelTraitsBase< Y(*)(X)> (pwiz::math::MatchedFilter)   PrecursorRecalculator (pwiz::analysis)   SimpleAnalyzer   VectorTabHandler (pwiz::util)   
CVParamIs (pwiz::data)   
  l  
PrecursorRecalculatorDefault (pwiz::analysis)   SimplePeakArea (ralab::base::ms)   SpectrumList_Waters::VendorOptions (pwiz::msdata::detail)   
CVParamIsChildOf (pwiz::data)   ChromatogramList_Filter::Predicate (pwiz::analysis)   SimplePicker (ralab::base::ms)   Version (pwiz::identdata)   
CVTermInfo (pwiz::cv)   LegacyAdapter_Instrument (pwiz::msdata)   ProteinList_DecoyGenerator::Predicate (pwiz::analysis)   SimpleProgressCallback   Version (pwiz::msdata)   
CVTranslator (pwiz::data)   LegacyAdapter_Software (pwiz::msdata)   ProteinList_Filter::Predicate (pwiz::analysis)   Smoother (pwiz::analysis)   Version (pwiz::proteome)   
CwtPeakDetector (pwiz::analysis)   LinearInterpolate (ralab::base::base::utilities)   SpectrumList_Filter::Predicate (pwiz::analysis)   Software (pwiz::data::peakdata)   Version (pwiz::tradata)   
  d  
LinearLeastSquares (pwiz::math)   SpectrumList_Sorter::Predicate (pwiz::analysis)   Software (pwiz::msdata)   Version (pwiz::analysis)   
LinearLeastSquares< LinearLeastSquaresType_LU > (pwiz::math)   Prediction (pwiz::tradata)   Software (pwiz::tradata)   Version (pwiz)   
DaCompFunctor (ralab::base::resample)   LinearLeastSquares< LinearLeastSquaresType_QR > (pwiz::math)   PrintAttribute   software_p (pwiz::identdata)   virtual_map (pwiz::util)   
DatabaseTranslation (pwiz::identdata)   LinearSolver (pwiz::math)   PrintEventHandler   SourceFile (pwiz::msdata)   
  w  
DataCollection (pwiz::identdata)   LinearSolver< LinearSolverType_LU > (pwiz::math)   ProcessingMethod (pwiz::msdata)   SourceFile (pwiz::identdata)   
DataFilter (pwiz::data::pepxml)   LinearSolver< LinearSolverType_QR > (pwiz::math)   Product (pwiz::msdata)   Specificity (pwiz::data::pepxml)   WhittakerSmoother (pwiz::analysis)   
MSDataAnalyzer::DataInfo (pwiz::analysis)   LocalMaximumPeakDetector (pwiz::analysis)   Product (pwiz::tradata)   SpectraData (pwiz::identdata)   MSDataFile::WriteConfig (pwiz::msdata)   
DataProcessing (pwiz::msdata)   LocalMinPeakArea (ralab::base::ms)   ProductSpace (pwiz::math::MatchedFilter)   Spectrum (pwiz::msdata)   TraDataFile::WriteConfig (pwiz::tradata)   
DatasetDerivation (pwiz::data::pepxml)   PeptideID::Location (pwiz::peptideid)   MSDataAnalyzerDriver::ProgressCallback (pwiz::analysis)   SpectrumBinaryData (pwiz::analysis)   IdentDataFile::WriteConfig (pwiz::identdata)   
Datum   location_less (pwiz::peptideid)   Protein (pwiz::proteome)   SpectrumDataFilter (pwiz::analysis)   ProteomeDataFile::WriteConfig (pwiz::proteome)   
DBSequence (pwiz::identdata)   Lock (pwiz::util)   Protein (pwiz::tradata)   SpectrumIdentification (pwiz::identdata)   WriteCVParam   
dbsequence_p (pwiz::identdata)   
  m  
ProteinAmbiguityGroup (pwiz::identdata)   SpectrumIdentificationItem (pwiz::identdata)   
  x  
DefaultArrayLengthSorter   ProteinDetection (pwiz::identdata)   SpectrumIdentificationList (pwiz::identdata)   
DefaultReaderList (pwiz::msdata)   MagnitudeLorentzian (pwiz::frequency)   ProteinDetectionHypothesis (pwiz::identdata)   SpectrumIdentificationProtocol (pwiz::identdata)   XMLWriter (pwiz::minimxml)   
DefaultReaderList (pwiz::proteome)   MascotReader (pwiz::identdata)   ProteinDetectionList (pwiz::identdata)   SpectrumIdentificationResult (pwiz::identdata)   
  z  
DefaultReaderList (pwiz::tradata)   MassAbundance (pwiz::chemistry)   ProteinDetectionProtocol (pwiz::identdata)   SpectrumIdentity (pwiz::msdata)   
DefaultReaderList (pwiz::identdata)   MassTable (pwiz::identdata)   ProteinList (pwiz::proteome)   SpectrumIdentityFromMzXML (pwiz::msdata)   ZeroSampleFiller (pwiz::analysis)   
a | b | c | d | e | f | g | h | i | k | l | m | n | o | p | q | r | s | t | u | v | w | x | z